Es spielt drei Jahre nach den Vorfällen in den USA und der Zerstörung der Geheimbasis der A.T.W.O. in Russland. Zwei der B.S.A.A. Soldaten konnten entkommen (Chris und Alexander) und flogen in deren Basis. Simmons der Anführer der A.T.W.O. konnte entkommen und lies seine Leute zurück.
In den USA brach das Virus zuerst aus. Es verbreitete sich auf dem ganzen Kontinent. Es dauerte nicht lange bis weitere Anschläge der A.T.W.O. kamen. Das Virus verbreitete sich auf der ganzen Welt und brach viele Opfer mit sich. Die B.S.A.A. versuchte seit den ersten Anschlägen die A.T.W.O. auffindig zu machen, doch nach den Anschlägen war die Organisation spurlos verschwunden.
Es vergingen zwei Jahre und eine neue Organisation versuchte auf sich aufmerksam zu machen. Sie versprachen Schutz und Immunität vor dem Virus. Sie prallten mit ihren Anti-Virus. Diese Organisation nannte sich Zontri.
Nach drei Jahren war die B.S.A.A. kurz vor der Auflösung. Viele der Soldaten und der Assistenten starben durch die Infizierungen des Viruses. Doch nicht allein die Infizierungen waren ein Problem, auch die Überfälle auf deren Geheimbasen brachten viele Tote mit sich. Ingrid Hunnigan, die die Führung nach O'Brians tod übernahm, starb durch einen Angriff eines Hunters.
- Spoiler:
Nach diesem Vorfall verabschiedeten sich vieler Mitarbeiter der B.S.A.A.
Nur noch wenige der B.S.A.A. sind auf der Welt verstreut, um Überlebende zu finden und sie in eine Geheimbasis auf einer gesicherten Insel zu befördern. Die Bevölkerung auf dieser Insel beträgt 57 und steigt lansam an.
Chris der Anführer der restlichen B.S.A.A. hält sich derweil mit Alexander in Russland auf, da sie einen Hilferuf bekamen.
